Dosa adalah hal yang sangat umum diperbuat oleh manusia. Bagaimana jadinya seandainya Tuhan sudah habis kesabaran dengan segala dosa manusia? Kehancuran, itulah apa yang digambarkan dalam Legion. Jeep (Lucas Black) adalah seorang pemuda yang tinggal dengan ayahnya, Bob (Dennis Quaid), dan seorang waitress yang tengah hamil tua, Charlie (Adrienne Palicki), di tengah Gurun Mojave, suatu lokasi yang cukup jauh dan asing dari peradaban kota. Mereka hidup dari usaha kedai makan bernama Paradise Falls yang dikelola oleh Bob bersama rekannya, Percy (Charles S. Dutton), dan Jeep sebagai montir. Pada suatu hari, kedai mereka dikunjungi oleh pasangan suami-istri Howard dan Sandra Anderson, yang datang bersama anak mereka, Audrey, untuk singgah sekaligus memperbaiki mobil mereka yang mogok. Tiba-tiba, kejanggalan-kejanggalan terjadi. Siaran televisi mengalami gangguan teknis, siaran radio pun mengalami hal yang serupa. Begitupun halnya pada komunikasi telepon yang dipergunakan oleh Kyle (Tyrese Gibson), yang juga datang ke tempat tersebut. Hal ini dirasa cukup memberikan tanda tanya bagi mereka semua mengenai ada gerangan apakah yang tengah terjadi.
Keadaan lalu semakin mengherankan dengan datangnya seorang nenek. Setelah memesan makanan, ia mengatakan hal yang menyinggung Charlie dan kemudian, Sandra. Howard yang tidak terima atas perkataan tersebut kemudian mendatangi si nenek dan memaksanya untuk minta maaf. Sialnya, nenek tersebut memang sudah bukan manusia biasa lagi. Dalam sekejap, ia menggigit leher Howard dan merayap ke langit-langit ruangan. Kontan seisi tempat tersebut panik dan melakukan perlawanan. Jeep yang memegang shotgun dan tengah berhadapan langsung dengan makhluk tersebut, malah tidak mempunyai keberanian untuk menarik pelatuknya. Untungnya, ia dan yang lainnya terselamatkan berkat tembakan Kyle yang akhirnya menewaskan makhluk tersebut.
Melihat keadaan Howard yang sudah sekarat, mereka pun berniat membawanya ke rumah sakit di kota terdekat. Akan tetapi, belum jauh mereka meninggalkan Paradise Falls, mereka menemukan satu lagi peristiwa yang mencengangkan. Mereka dihadang oleh serbuan sejumlah besar serangga, yang mengharuskan mereka untuk kembali ke kedai tersebut. Di Paradise Falls, mereka kembali dibuat curiga dengan kedatangan seorang pria misterius (Paul Bettany). Lewat “cara perkenalan” yang mereka lakukan, pria itu lalu bergabung dengan Jeep dan kawan-kawan. Pria tersebut pada akhirnya memperkenalkan diri sebagai Michael, salah satu malaikat tertinggi kepercayaan Tuhan. Ia kemudian menjelaskan keadaan yang tengah mereka hadapi sebagai “pembasmian” yang telah Tuhan putuskan terhadap manusia. Michael menentang hal tersebut dan turun ke bumi untuk menyelamatkan harapan satu-satunya bagi umat manusia. Apakah harapan yang ia maksud? Bagaimana kelanjutannya? Saksikan saja sendiri kisahnya.